由于房地产开发企业所开发项目跨度时间长，企业取得土地使用权原因特殊，有些企业对开发项目的土地成本资料重视不够，造成后期清算时由于无法提供或无法齐全提供资料等原因而发生诸多的涉税风险。
土地成本是计算土地增值税的一项重要内容，是决定开发项目税负的主要因素。在土地增值税清算审核时，税务机关主要审核房地产开发企业取得土地使用权所支付金额的真实性、合理性以及取得票据的合规性。审核判断的原则主要是看取得的土地是否属于本清算项目、是否应当取得而未取得合法有效凭证、款项支付是否真实发生等。
例如：A工业企业2007年接受B企业以10亩工业性质土地使用权投资，双方确认的投资价值为1500万元。2010年B企业通过股权转让方式将所持该企业的全部股权转让给A企业。2012年，A企业将这10亩工业性质用地变性为商品房开发用地并向国土部门补缴土地出让金800万元。2013年，A企业开发建造一普通标准住宅楼盘，2015年3月达到可清算条件并经税务机关通知清算。8月A企业向税务机关提交了清算报告及相关资料，确认的土地成本为2340万元，清算项目的增值率为18.7%，因符合当地规定的普通住宅标准而申请免征土地增值税。
主管税务机关对A企业提供的土地成本合法有效凭证进行审核，确定清算项目的土地成本应为840万元（含契税），B企业取得土地使用权时的成本因无合法有效凭证不能扣除，项目增值率为22.3%。因此，该项目不符合普通住宅的免税条件，应当补缴土地增值税1300多万元。
企业针对审核结果提出异议，认为该土地是通过投资取得且投资成本1500万元是经过双方确认的，有投资合同作为凭证，应算本企业当时取得土地使用权的成本，如果现在清算按投资企业的历史成本计算，原投资企业早已注销，现在根本无法再取得。
A企业的意见无法得到税务机关的认可。
那么，在土地增值税清算管理中，涉及的土地成本怎样确认？开发企业应提供哪些合法有效凭证？企业清算前期怎样完整收集呢？根据日常清算管理经验来看，应当按照取得土地使用权的不同情况来处理：
通过招、拍、挂方式取得土地
出让方为政府授权的国土资源管理部门，由国土资源管理部门与开发企业签订土地出让合同或协议，收取土地使用权出让金、开具规定的收款收据，其房地产开发企业的土地成本资料清楚明确，收集简便，税务机关在清算审核时，开发企业需提供土地使用权出让合同或协议、土地使用权证复印件、国土资源管理部门开具的收款收据、契税完税票据、款项支付凭证即可确认土地成本。
非房地产企业重组方式取得土地
这种方式包括企业整体改制、合并、分立、投资等。根据《财政部、国家税务总局关于企业改制重组有关土地增值税政策的通知》（财税〔2015〕5号）规定，企业改制重组后再转让国有土地使用权并申报缴纳土地增值税时，明确了应以“改制前”取得该宗国有土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用，作为该企业“取得土地使用权所支付的金额”扣除。
由于非房地产企业重组涉及房地产的转移，在营改增前规定不征营业税和暂不征收土地增值税。同时，在重组、投资时，企业都会涉及资产价值的评估和账记历史价值的改变，在上例业务中，由于房地产账记历史价值的改变涉及后期土地增值税的计算，如果在扣除上没有发票等合法有效凭证作支撑，那么企业开发后或直接转让房地产，在进行土地增值税清算时，重组双方的合同或协议、评估报告等均不能作为土地增值税扣除项目的合法有效依据。因此，按照财税〔2015〕5号文件的征管要求，企业应在重组时，不管后期的经营方式、经营战略怎样，一定要齐全收集并妥善保存原土地使用权取得方的历史资料，即原土地使用权取得方的土地使用权证、国土资源部门的收款收据、契税完税票据、款项支付凭证复印件，并加盖原土地使用权人印章，便于后期清算时作为合法有效的扣除凭证提供。否则，土地成本难以得到税务机关的扣除认可。
以评估价值作为“取得土地使用权所支付金额”扣除的例外情形。根据财税〔2015〕5号文件规定，企业在重组改制过程中经省级以上国土管理部门批准，国家以国有土地使用权作价出资入股的，再转让该宗国有土地使用权并申报缴纳土地增值税时，应以该宗土地作价入股时省级以上国土管理部门批准的评估价格，作为该企业“取得土地使用权所支付的金额”扣除。办理纳税申报时，企业应提供该宗土地作价入股时省级以上国土管理部门的批准文件和批准的评估价格，不能提供的不得扣除。
房地产企业之间重组方式取得土地
根据财税〔2015〕5号文件规定，房地产企业在实施整体改制、合并、分立、投资方式时，其土地使用权、房产的转移暂不征土地增值税。但对其发生的资产转让行为是否应取得或开具发票，各地税务机关都有不同的掌握处理办法。因此，房地产企业因重组而接受土地使用权时，要加强与当地主管税务机关的联系与咨询，凡要求必须取得发票的，一定要按规定取得发票；对不需要取得发票的，要完整收集好相关重组合同协议，原土地使用权证、原土地使用权人的土地增值税纳税申报表和税收缴款书复印件并加盖印章，作为后期土地增值税清算时的合法有效扣除证明凭证。
原自有土地变性用于房地产开发
一些老企业，取得国家划拨用地或取得工、商业性质用地从事生产经营多年后，因城市规划调整或企业经营转向，通过补缴土地出让金后，将原自用经营性用地变性为商品房开发用地自行开发，一定要齐全收集好原土地使用权取得时所支付款项的原始凭证和后期变性所补缴的土地出让金、契税凭证、相关土地合同协议，便于后期清算时作为合法有效扣除凭证提供。
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