应付账款不回函采取替代审计程序。如果存在未回函的重大项目，注册会计师应采用替代审计程序。比如，可以检查决算日后应付账款明细账及库存现金和银行存款日记账，核实其是否已支付，同时检查该笔债务的相关凭证资料，如合同、发票、验收单，核实应付账款的真实性。
一般情况下，并非必须函证应付账款，因为函证应付账款不能保证查出未记录的应付账款，况且注册会计师能够取得供应商发票等外部凭证来证实应付账款的余额。
如果了解被审计单位及其环境后评估采购与付款循环的控制风险较高，某应付账款明细账户金额较大，则应考虑对应付账款实施函证。
进行函证时，注册会计师应选择较大金额的债权人，以及那些在资产负债表日金额不大，甚至为零，但为被审计单位重要供应商的债权人，作为函证对象。
函证应付账款最好采用积极函证方式，并具体说明应付金额。
注册会计师必须对函证的过程(包括选取需要函证的账户、询证函的起草、寄发和收回)进行控制，要求债权人直接回函，并根据回函情况编制与分析函证结果汇总表，对未回函的，应考虑是否再次函证。
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