国税发（2009）31号文营改增后是否废止了？
答：国税发（2009）31号文营改增后是废止了。
依据国家税务总局公告2014年第35号，国家税务总局关于房地产开发企业成本对象管理问题的公告，本法规（国税发2009年31号文件）第二十六条第二款自2014年7月16日起废止。
该文件存在以下违法问题：
一、制定该规范性文件未经法律或行政法规授权，涉嫌越权立法
二、以收付实现制作为收入确认原则违反行政法规
三、以“估计利润”征税破坏税法的严肃性和稳定性，是各级税务机关征收“过头税”的根源
四、以收付实现制作为成本费用的扣除原则违反行政法规
五、违反《行政许可法》增设税务行政许可
六、该规范性文件未公开征求纳税人意见
同时，国家税务总局发布《关于公布全文废止和部分条款废止的税务部门规章目录的决定》（国家税务总局令第40号）和《关于公布全文失效废止和部分条款废止的税收规范性文件目录的公告》（国家税务总局公告2016年第34号），对税务部门规章和税收规范性文件进行了清理。其中，全文废止的税务部门规章4个，部分条款废止的税务部门规章6个；全文失效废止的税收规范性文件120件，部分条款废止的税收规范性文件10件。
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